После событий второго фильма, когда Кирк победил Хана и стал свидетелем создания планеты Генезис, его триумф полностью омрачается невосполнимой потерей: Спок погиб, жертвуя собой, чтобы спасти корабль «Энтерпрайз» и всю команду. В этот же период доктор Мак-Кой, в тело которого перед смертью был передан разум Спока, начинает стремительно терять рассудок, и Кирк рискует потерять еще одного...
