Второй полнометражный фильм по популярной франшизе о супергероях, снятый японской анимационной студией Bones, которая работала над основным сериалом. Действие разворачивается сразу после событий третьего сезона аниме, когда ученики класса 1-А УАК уже освоили базовые навыки работы героев и готовы к первым реальным испытаниям.
Действие разворачивается в мрачном альтернативном средневековье, где человеческие поселения постоянно подвергаются нападениям опасных оборотней ёма — чудовищ, способных принимать облик своих жертв и завладевать их памятью после того, как съедят их мозг. Для защиты людей тайная Организация создала специальный отряд воительниц, известных как Клеймор: полулюдей, в чьи тела введена кровь и плоть...