Этот анимационный фильм полностью переосмысливает привычную нам историю про Человека-паука, перенося зрителя в яркий мир, где правила супергеройских вселенных работают иначе. Основной герой здесь — не Питер Паркер, а подросток Майлз Моралес из Бруклина, который только недавно открыл в себе суперспособности и пытается совместить обычную школьную жизнь с обязанностями защитника города.
После того как четверо друзей из нью-йоркского зоопарка — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория — не нашли счастья на Мадагаскаре, они решают вернуться домой, но случайная поломка самолета заносит их прямо на африканский континент, на родину Алекса, с которой он был разлучен еще в детстве.
Фильм стал полнометражным продолжением культового сериала «Ковбой Бибоп», созданного Джоссом Уидоном, и переносит зрителей в ту же далекую XXVI вековую вселенную, где человечество освоило десятки планет и лун, а межпланетное правительство Альянс установило контроль над большинством населенных миров.