Действие разворачивается в стенах вымышленной элитной католической школы святой Лилианы, основанной в 1902 году в районе Мусасино Токио. Учреждение построено на строгой иерархии и традициях, ключевая из которых — «система сестёр»: старшекурсницы обязаны опекать первокурсниц, как родных младших сестёр, заботясь об их учебе, быте и личных проблемах.
История разворачивается вокруг обычной японской школьницы Кагомё Хигураси, которая живёт в синтоистском храме вместе с семьёй. Однажды, спасаясь от демона, она падает в старый колодец и оказывается в эпоху Сэнгоку, где её ждёт встреча с полудемоном Инуясей, заточенным на вековечном дереве после конфликта с кланом демонов.