Действие «Миссии» разворачивается в XVIII веке на территории современной Парагвая, где колониальные империи борются за контроль над землями, населёнными мирным индейским племенем гуарани. Фильм начинается с зрелищной сцены, в которой иезуитский священник, привязанный к грубо сколоченному кресту, плывёт по реке сквозь густые джунгли — этот кадр сразу задаёт мрачную, но величественную атмосферу...
События фильма разворачиваются в Камбодже середины 1970-х, на пике кровопролитной гражданской войны, которая вскоре приведет к установлению одного из самых жестоких режимов в новейшей истории. Главный герой — американский корреспондент крупной газеты, который приехал в страну, чтобы делать репортажи о происходящих событиях, и его местный помощник, переводчик и проводник, без которого работа...