История разворачивается в вымышленной, но узнаваемой фэнтезийной версии феодальной Японии, где переплетаются народные легенды и реальная магия. Главный герой — одиннадцатилетний Кубо, который живет с больной матерью на окраине небольшой деревни, каждый день ходит на рынок, чтобы рассказывать истории о самурае Хандзи, своем отце, погибшем в бою с могущественным злом.
