История разворачивается в вымышленной, но узнаваемой фэнтезийной версии феодальной Японии, где переплетаются народные легенды и реальная магия. Главный герой — одиннадцатилетний Кубо, который живет с больной матерью на окраине небольшой деревни, каждый день ходит на рынок, чтобы рассказывать истории о самурае Хандзи, своем отце, погибшем в бою с могущественным злом.
Мультфильм стал долгожданной адаптацией культового комикса Чарльза Шульца «Мелочь пузатая», который завоевал популярность у читателей по всему миру еще в середине XX века. Создатели сохранили узнаваемый визуальный стиль оригинальных рисунков, перенеся его на 3D-анимацию так, чтобы фанаты комиксов сразу узнали любимых персонажей, а новые зрители не столкнулись с лишней визуальной перегрузкой.