Действие фильма разворачивается в 1994 году, когда инопланетные конфликты, длящиеся уже тысячи лет, наконец доходят до Земли. Стажер музея Елена Уоллес, изучающая древние артефакты майя, и бывший военный эксперт по электронике Ной Диас, живущий после службы тихой жизнью, совершенно не подозревают, что их обычная жизнь вскоре изменится до неузнаваемости.
После того как четверо друзей из нью-йоркского зоопарка — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория — не нашли счастья на Мадагаскаре, они решают вернуться домой, но случайная поломка самолета заносит их прямо на африканский континент, на родину Алекса, с которой он был разлучен еще в детстве.