События фильма разворачиваются после того, как Ларри Дэйли проработал ночным сторожем в Музее естественной истории Нью-Йорка уже несколько лет. Он успел привыкнуть к тому, что после захода солнца экспонаты оживают, и даже подружиться с большинством из них: от динозавра Рекса до генерала Кастороны и обезьянки Декстера.
После успеха первой части Ларри Дэйли решает оставить работу охранником Музея естественной истории в Нью-Йорке, чтобы больше времени уделять своему сыну, но внезапно получает звонок о странных происшествиях в музее: экспонаты начали исчезать, и вместе с ними уходит магия, которая оживляла их по ночам.
Ларри Дэлтон после череды неудач с работой и личными проблемами устраивается ночным сторожем в Музей естественной истории в Нью-Йорке, думая, что предстоит спокойная работа без лишних хлопот и сложных задач. В первую же смену он с удивлением узнаёт, что после закрытия музея для посетителей все экспонаты оживают: доисторические существа выходят из витрин, древние статуи начинают ходить по...