События ленты разворачиваются спустя год после масштабного столкновения Годзиллы с Механической Годзиллой, созданной специально для защиты Японии от древнего чудовища. Внезапно появляется новое предупреждение от Мотры — вечной соперницы Годзиллы, которая требует вернуть в океан абсолютно все останки первого нашествия чудовища: от костей и органических тканей до молекул ДНК.
