Действие «Миссии» разворачивается в XVIII веке на территории современной Парагвая, где колониальные империи борются за контроль над землями, населёнными мирным индейским племенем гуарани. Фильм начинается с зрелищной сцены, в которой иезуитский священник, привязанный к грубо сколоченному кресту, плывёт по реке сквозь густые джунгли — этот кадр сразу задаёт мрачную, но величественную атмосферу...
