Действие мультфильма разворачивается в том же мире, что и история первой части, в тихой Долине Репейников, где маленькие мыши живут в страхе перед таинственным комплексом Н.И.М.Х., о котором ходят пугающие слухи среди старожилов общины. Главный герой — юный Тимми Брисби, младший сын Джонатана, который когда-то уже спас всех жителей долины от угрозы, исходившей из этого самого места.
