После серии мощных взрывов, которые сначала приняли за террористическую атаку, в городе случается масштабная техногенная авария: улицы покрываются обломками зданий, рушатся коммуникации, а спасательные службы не справляются с потоками пострадавших. В считанные часы привычная городская жизнь сходит на нет, а выжившие остаются один на один с необъяснимым бедствием.
Продолжение истории прирожденного специалиста по неразрешимым задачам Итана Ханта, который после успешного выполнения первой миссии получает новое назначение от своего начальства. В этот раз его задача — противостоять талантливому и безжалостному шпиону Шону Амброузу, который украл опасный штамм смертельного вируса, способного уничтожить миллионы людей по всему миру.